Микробный пейзаж у госпитальных больных с новой коронавирусной инфекцией COVID-19, сравнительная антибиотикорезистентность с «доковидным» периодом: проспективное исследование

Введение. Проявления новой коронавирусной инфекции во многом оказались нестандартными для возбудителей острых респираторных заболеваний, бросив целый ряд серьезных вызовов исследователям всего мира. Несмотря на небольшую частоту присоединения бактериальных осложнений, микробная коинфекция играет важную роль в возникновении и развитии тяжелых форм заболевания COVID-19, усложняя диагностику, лечение и прогноз.

Цель исследования – определение бактериального пейзажа при вторичных осложнениях коронавирусной инфекции COVID-19 и динамики антибиотикорезистентности наиболее часто встречаемых видов микроорганизмов у больных ковидного госпиталя в сравнении с внебольничной пневмонией «доковидного» периода.

Методы. Проанализированы результаты бактериологических исследований 1113 образцов мокроты из 21 стационара Краснодарского края, взятой у пациентов, находившихся на лечении по поводу COVID-19. Основную группу исследования составили 524 штамма микроорганизмов, выделенных при бактериологическом исследовании у пациентов с COVID-19. Группу сравнения составили 643 положительных штамма микроорганизмов, выделенных из мокроты пациентов с внебольничной пневмонией, развившейся в исходе ОРВИ в период 2015–2018 гг. Проведено сравнение этиологической структуры микробного пейзажа и антибиотикорезистентности выделенных культур у пациентов с COVID-19 и у пациентов с внебольничной пневмонией.

Результаты. В структуре выделенной бактериальной флоры у пациентов с COVID-19 преобладали грамотрицательные микроорганизмы (58%), грамположительная флора составила 15%, грибы — 27%. Среди грамотрицательных бактерий примерно равные доли составили Acinetobacter baumannii (35%) и Klebsiella pneumoniae (33%). В два раза реже регистрировались штаммы Pseudomonas aeruginosa (19%) и прочие микроорганизмы. Грамположительная флора была представлена в 48% случаев Streptococcus pneumoniae и в 15% – Staphylococcus aureus. Выделенные в мокроте грибы в подавляющем большинстве (89%) идентифицированы как Candida albicans. Частота выделения Streptoccocus pneumoniaе среди всех микроорганизмов в 2020 году снизилась до 7%, что в 10 раз ниже «доковидного» уровня, при этом частота выделения грибов резко возросла. Отмечен рост антибиотикорезистентности у большинства выделенных штаммов микроорганизмов.

Заключение. В лечении больных с осложненной коронавирусной инфекцией необходимо учитывать преобладание в этиологической структуре поражения нижних дыхательных путей грамотрицательных бактерий, высокий риск присоединения грибковой флоры и активации других условно-патогенных возбудителей. Наблюдаемый рост антибиотикорезистентности отражает результат активного применения антибиотиков, в том числе на догоспитальном этапе лечения, без учета показаний к их назначению. При выборе схемы лечения больного с COVID-19 необходимо избегать назначения антибактериальных препаратов без строгих показаний к их применению у каждого больного.

1. Zhu X., Ge Y., Wu T., Zhao K., Chen Y., Wu B., Zhu F., Zhu B., Cui L. Co-infection with respiratory pathogens among COVID-2019 cases. Virus Res. 2020; 285: 198005. DOI: 10.1016/j.virusres.2020.198005

2. Lansbury L., Lim B., Baskaran V., Lim W.S. Coinfections in people with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. J. Infect. 2020; 81(2): 266–275. DOI: 10.1016/j.jinf.2020.05.046

3. Langford B.J., So M., Raybardhan S., Leung V., Westwood D., MacFadden D.R., Soucy J.R., Daneman N. Bacterial co-infection and secondary infection in patients with COVID-19: a living rapid review and meta-analysis. Clin. Microbiol. Infect. 2020; 26(12): 1622–1629. DOI: 10.1016/j.cmi.2020.07.016

4. Garcia-Vidal C., Sanjuan G., Moreno-García E., Puerta-Alcalde P., Garcia-Pouton N., Chumbita M., Fernandez-Pittol M., Pitart C., Inciarte A., Bodro M., Morata L., Ambrosioni J., Grafi a I., Meira F., Macaya I., Cardozo C., Casals C., Tellez A., Castro P., Marco F., García F., Mensa J., Martínez J.A., Soriano A.; COVID-19 Researchers Group. Incidence of co-infections and superinfections in hospitalized patients with COVID-19: a retrospective cohort study. Clin. Microbiol. Infect. 2021; 27(1): 83–88. DOI: 10.1016/j.cmi.2020.07.041

5. Mahmoudi H. Bacterial co–infections and antibiotic resistance in patients with COVID-19. GMS Hyg Infect Control. 2020 Dec 17;15: Doc35. DOI: 10.3205/dgkh000370. PMID: 33391970. PMCID: PMC7747008

6. Fattorini L., Creti R., Palma C., Pantosti A.; Unit of Antibiotic Resistance and Special Pathogens; Unit of Antibiotic Resistance and Special Pathogens of the Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanità, Rome. Bacterial coinfections in COVID–19: an underestimated adversary. Ann. Ist. Super Sanita. 2020; 56(3): 359–364. DOI: 10.4415/ANN_20_03_14

7. Manohar P., Loh B., Nachimuthu R., Hua X., Welburn S.C., Leptihn S. Secondary Bacterial Infections in Patients With Viral Pneumonia. Front. Med. (Lausanne). 2020; 7: 420. DOI: 10.3389/fmed.2020.00420

8. Hughes S., Troise O., Donaldson H., Mughal N., Moore L.S.P. Bacterial and fungal coinfection among hospitalized patients with COVID-19: a retrospective cohort study in a UK secondary-care setting. Clin. Microbiol. Infect. 2020; 26(10): 1395–1399. DOI: 10.1016/j.cmi.2020.06.025

9. Lai C.C., Yu W.L. COVID-19 associated with pulmonary aspergillosis: A literature review. J. Microbiol. Immunol. Infect. 2021; 54(1): 46–53. DOI: 10.1016/j.jmii.2020.09.004

10. Chen X., Liao B., Cheng L., Peng X., Xu X., Li Y., Hu T., Li J., Zhou X., Ren B. The microbial coinfection in COVID-19. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2020; 104(18): 7777–7785. DOI: 10.1007/s00253-020-10814-6

11. Youngs J., Wyncoll D., Hopkins P., Arnold A., Ball J., Bicanic T. Improving antibiotic stewardship in COVID-19: Bacterial co-infection is less common than with infl uenza. J. Infect. 2020; 81(3): e55–e57. DOI: 10.1016/j.jinf.2020.06.056

12. Rothe K., Feihl S., Schneider J., Wallnöfer F., Wurst M., Lukas M., Treiber M., Lahmer T., Heim M., Dommasch M., Waschulzik B., Zink A., Querbach C., Busch D.H., Schmid R.M., Schneider G., Spinner C.D. Rates of bacterial co-infections and antimicrobial use in COVID-19 patients: a retrospective cohort study in light of antibiotic stewardship. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2021; 40(4): 859–869. DOI: 10.1007/s10096-020-04063-8

13. Munch M.W., Meyhoff T.S., Helleberg M., Kjaer M.N., Granholm A., Hjortsø C.J.S., Jensen T.S., Møller M.H., Hjortrup P.B., Wetterslev M., Vesterlund G.K., Russell L., Jørgensen V.L., Tjelle Kristiansen K., Benfi eld T., Ulrik C.S., Andreasen A.S., Bestle M.H., Poulsen L.M., Hildebrandt T., Knudsen L.S., Møller A., Sølling C.G., Brøchner A.C., Rasmussen B.S., Nielsen H., Christensen S., Strøm T., Cronhjort M., Wahlin R.R., Jakob S.M., Cioccari L., Venkatesh B., Hammond N., Jha V., Myatra S.N., Jensen M.Q., Leistner J.W., Mikkelsen V.S., Svenningsen J.S., Laursen S.B., Hatley E.V., Kristensen C.M., Al- Alak A., Clapp E., Jonassen T.B., Bjerregaard C.L., Østerby N.C.H., Jespersen M.M., Abou-Kassem D., Lassen M.L., Zaabalawi R., Daoud M.M., Abdi S., Meier N., la Cour K., Derby C.B., Damlund B.R., Laigaard J., Andersen L.L., Mikkelsen J., Jensen J.L.S., Rasmussen A.H., Arnerlöv E., Lykke M., Holst-Hansen M.Z.B., Tøstesen B.W., Schwab J., Madsen E.K., Gluud C., Lange T., Perner A. Lowdose hydrocortisone in patients with COVID-19 and severe hypoxia: the COVID STEROID randomised, placebo-controlled trial. Acta. Anaesthesiol. Scand. 2021. DOI: 10.1111/aas.13941

14. Falavigna M., Colpani V., Stein C., Azevedo L.C.P., Bagattini A.M., Brito G.V., Chatkin J.M., Cimerman S., Corradi M.F.D.B., Cunha C.A.D., Medeiros F.C., Oliveira Junior H.A., Fritscher L.G., Gazzana M.B., Gräf D.D., Marra L.P., Matuoka J.Y., Nunes M.S., Pachito D.V., Pagano C.G.M., Parreira P.C.S., Riera R., Silva A. Júnior, Tavares B.M., Zavascki A.P., Rosa R.G., Dal-Pizzol F. Guidelines for the pharmacological treatment of COVID–19. The task–force/consensus guideline of the Brazilian Association of Intensive Care Medicine, the Brazilian Society of Infectious Diseases and the Brazilian Society of Pulmonology and Tisiology. Rev. Bras. Ter. Intensiva. 2020; 32(2): 166–196. DOI: 10.5935/0103-507x.20200039

15. Rawson T.M., Moore L.S.P., Zhu N., Ranganathan N., Skolimowska K., Gilchrist M., Satta G., Cooke G., Holmes A. Bacterial and Fungal Coinfection in Individuals With Coronavirus: A Rapid Review To Support COVID-19 Antimicrobial Prescribing. Clin. Infect. Dis. 2020; 71(9): 2459–2468. DOI: 10.1093/cid/ciaa530

16. Mirzaei R., Goodarzi P., Asadi M., Soltani A., Aljanabi H.A.A., Jeda A.S., Dashtbin S., Jalalifar S., Mohammadzadeh R., Teimoori A., Tari K., Salari M., Ghiasvand S., Kazemi S., Yousefi mashouf R., Keyvani H., Karampoor S. Bacterial co-infections with SARS-CoV-2. IUBMB Life. 2020; 72(10): 2097–2111. DOI: 10.1002/iub.2356

17. Sultana J., Cutroneo P.M., Crisafulli S., Puglisi G., Caramori G., Trifi rò G. Azithromycin in COVID-19 Patients: Pharmacological Mechanism, Clinical Evidence and Prescribing Guidelines. Drug. Saf. 2020; 43(8): 691–698. DOI: 10.1007/s40264-020-00976-7

18. Rawson T.M., Wilson R.C., Holmes A. Understanding the role of bacterial and fungal infection in COVID-19. Clin. Microbiol. Infect. 2021; 27(1): 9–11. DOI: 10.1016/j.cmi.2020.09.025

19. Авдеева М.Г., Шубина Г.В., Ганжа А.А., Журавлёва Е.В. Внебольничная пневмония у пациентов инфекционного стационара: проблемы развития резистентности к антимикробным препаратам. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2018; 23(3): 108–113. DOI: 10.18821/1560-9529-2018-23-3-108-113

20. Sharifi pour E., Shams S., Esmkhani M., Khodadadi J., Fotouhi-Ardakani R., Koohpaei A., Doosti Z., Ej Golzari S. Evaluation of bacterial co-infections of the respiratory tract in COVID-19 patients admitted to ICU. BMC Infect. Dis. 2020; 20(1): 646. DOI: 10.1186/s12879-020-05374-z

21. Свистушкин В.М., Никифорова Г.Н., Артамонова П.С. Антибактериальная терапия заболеваний лор-органов во время пандемии COVID-19. Consilium Medicum. 2020; 22 (11): 10–15. DOI: 10.26442/20751753.2020.11.200359